homebrewに/usr/local使わせるのは不安しかないので$HOME以下で運用してる
/usr/localは自分で入れる用。brew doctorに怒られるが気にしない

大体brewの管理なんて、opensslとそれを使うlftp(例)を入れたとして
opensslをバージョンアップしてdylibのファイル名が変わりました、cleanで古いdylibは消えました
でもlftpのバージョンは変わってないのでそのままです、起動できません
とかその程度のいい加減なもんだぜ？