TextEdit では(というかPagesも踏襲してるけど)、
普通の改行が「段落区切り」で「改行」の方が特殊文字
編集 > 挿入 での 改行 が E2、段落区切り が 0A (LF、Unix系で一般的な改行文字)

段落区切り(0A) も 改行(E2) も 文字として検索および置換ができるから、
TextEditかPagesで一気に置換すればいいんじゃないの