ここを見る限り、最新のビデオカードでもPCIe 3.0 x4 (つまりTB3と同じ) 経由でx16の95%くらいの性能が出るようなんだが。
GPUで5%の性能ダウンなんてさすがにノイズみたいなもんだろう。

ttps://www.techpowerup.com/reviews/NVIDIA/GeForce_GTX_1080_PCI_Express_Scaling/25.html