iPhoneにしか入ってないアプリは同期してもiTunes側にはコピーされない
iOS9からそうだよ

母艦にアプリ本体があってダイレクトに復元されるのは
アプリをiTunesでダウンロードして
そこからiOS端末にインストールしてるか
iTunesでアプリの自動ダウンロードをオンにして
iOS端末でダウンロードしたアプリが
自動的にiTunesにもダウンロードされるようにしてる場合