？
ちょっと状況が理解できないんだけど、Thread Affinity API 使って CPU を固定するような
作りになってるアプリ以外の一般的なアプリは、特定の CPU(スレッド) を占有し続ける訳ではなくて
Para の仮想マシンと同様に非常に短い間隔で順次空いている CPU リソースが割り当てられて動作するよ
(もちろんキャッシュの有効活用の為に同じコアを優先するだろうけど)