必要に応じてHTML+CSSかxml+xslで保存すれば良くね？
ただし使えるレイアウトや表現が限定されてしまうのが難点だけど。
或いは細かい調整が出来るTeX。

EPUBは個人出版(配布)ができるという点では欲しいかもな。
eg使う人には物書きの人も多いだろうし、会社も物書きの為の物書堂。
執筆から出版まで一つのソフトで済んでしまうのは理想。