App内課金のプロダクト情報取得(SKProductsRequest)で、
価格が「JPY」ではなく「USD」になるのは何が原因なんでしょうか?

たとえば、App Store Connectで価格を「JPY480(価格帯4)」に
設定すると、デリゲートで取得した価格は「3.99」となります。

以下、ロケールに関する情報です。
App Store ConnectのマイAppの設定
・App情報:プライマリ言語:日本語
・App内課金の設定:ローカリゼーション:日本語のみ

開発中App(*1)のinfo.plist:
・CFBundleDevelopmentRegion:Japanese
・CFBundleLocalizations:(設定なし)

(*1) 開発中Appの販売地域は日本のストアのみです。

ちなみに価格以外の
・localizedTitle
・localizedDescription
は問題なく正常に取得できています。