iCloudで似た様な話。
Mac1台目をTime Machineでバックアップ取って修理に出す。
その間2台目でiCloudDrive上のファイルを色々変更する。
修理から戻ってきた1台目をクリーンインストールしてTime Machineからデータ移行したら、
2台目のiCloudDrive内も1台目のバックアップ時点の内容に同期されてしまったでござる。
（2台目も別にバックアップは取ってたので戻せたけど）
ってことはあった。