いろいろなアドバイスをいただきありがとうございます

343さん,344さん
SIP無効化はまだ試しておりません

348さん
ご指摘の通りコンテナ形式になっていて、使用済み容量は
Macintosh HDが11GB / Macintosh HD-Dataが970GBになっています

349さん
First Aidは数回実施しています

352さん
実は「ローカルスナップショットが破損している」というのは他に理由が思い付かなかったこともあって、あくまでも憶測です。仰る通りです。
一つのローカルスナップショットファイルのサイズはせいぜい数GB、大きくても数10GBと思われるので、全てのローカルスナップショットを合わせても800GBにもなるとは到底考えられませんよね。。

ゴミファイルのようなものが溜まった巨大なディレクトリがあってそのディレクトリそのものが破損している。
ファイルシステムがこのディレクトリを認識できないためにこんなことになっているのかな、などとも思います。。