パッケージでシステムを導入するときに端末(パソコン)まで縛られることなんてあるん？
電子カルテのシステムはよく知らんが、業者にすべての導入作業を依頼するから高く見えるだけじゃね？

残念ながらmacを業務端末として使ってる事例は知らないんだけど、
アクティブディレクトリみたいな端末管理とかどうするつもりなんだろ？

windowsパソコンを業務で既に使ってるなら、端末管理方法やos統一しての作業効率向上とかを考えてwindows一択だと思う。
macを触ったことない従業員は多いだろうしね。