>>750
デスクトップ2で勝手に開くのはDockのオプションでそうなってるからでしょ？
勝手に起動するのはログイン項目に入ってるとかじゃないの？

メールアプリは2年くらい暗黒時代があったけど見た目はともかく、動作は…特に悪いところはないと思うし、あなたの言うような動作になったことはないよ。（うちはデスクトップに固定してるので自分で起動するとそこで起動するけど）

もしくはアプリを終了して
~/Library/Containers/com.apple.mail/Data/Library/Saved¥ Application¥ State/com.apple.mail.savedState
を捨ててみるとか。