>>604
rsyncは正確にコピーするのみであり、
リンクとなるエイリアスやシンボリック、ハードリンクはそのリンクのパスはそのままです。

コピー先で相対的に変更する必要があります。
対策としてはディスクのクローンを作る事で回避できます。