あんま細かく覚えてないけど
ユーザ辞書の実体は
~/Library/Dictionaries/CoreDataUbiquitySupport/xxxxx/UserDictionary/xxxxx/store/UserDictionary.db
だったと思う(xxxxxはなんか文字列)

~/Library/Dictionaries/JapaneseInputMethod
は入力履歴だか学習履歴じゃなかったかな？

なんで上のフォルダが存在しないなら復元できていないかも？
サポート使えるなら明日聞いたほうが良いかもね