>>11ですが
あれから色々試した結果、どうも外付けHDDのTime machineが繋がってると不安定になることが判明
HDDを次の様にフォーマットしてるのですが
　HDD1：APFS(暗号化あり) Timemachine
　HDD2：HFS＋(暗号化あり)
　HDD3：HFS＋(暗号化あり)
　HDD4：APFS(暗号化なし)
HDD1を繋げた時のみ、HDDが認識しない事象が頻繁に発生し、それ以外の組み合わせはどれも安定動作しました(HDDの物理接続先を変えたりしても同様)

ということで、APFS(暗号化あり)でフォーマットしたTimemachineだと自分の環境では不安定になるようです。
APFS(暗号化)を辞めてHFS＋に変更して試そうかなと思いましたが、面倒だしバックアップデータ消えてしまうので試すのは諦めました。
もし外付けHDDの認識が不安定な方は参考にしてみてください。

ちなみにVenturaにOSダウングレードしましたが、何の問題もなく安定稼働しております(なのでSonomaの不具合と思われます)