初期設定を捨てることと本体を入れ直すことはMacでは全く別の話だよ
全部設定捨てたいならApplication Support内のBathyScapheフォルダだけ捨てればいいけど
実際トラブルで捨てるべきものはその中のごく一部だけで過去のログや設定はほとんど捨てる必要がない
まあきれいにしたいってのはまた別の理由なので、それでいいならそれでいいけど