知らんけどAdAlphaZeroとかで透明化された広告ウィンドウがあるから復元しないとかではないの？
窓が一つしかない状態では前面に来るときに最小化解除されるがそうじゃなければ解除されないというのはmacOSの仕様で
BathyScapheとは関係ないぞ