アプリクリックでウィンドウが元に戻らないって事のなんだけど、
バチスカはNSWindowの番号flagを強制していて、アクティブ/非アクティブ構わず番号の低い順を最優先にしているの。

これは最初に開いたウィンドウを0として1-2-3って感じに不動にしているのだが、
アプリをクリックしても2番目の見えているウィンドウはフロントに出てこないのは
アドオン用のウィンドウかアップデート確認のウィンドウ、プレビューウィンドウが0を保持したまま何処かに居座っている可能性がある。

メニュー→バチスカをリセット
又は
Library/Caches/jp.tsawada2.BathyScaphe/
Library/Saved Application State/jp.tsawada2.BathyScaphe.savedState/
Application Support/BathyScaphe/
Library/HTTPStorages/jp.tsawada2.BathyScaphe/
を消してリセットして様子見をお願いします