なんとなくですがRegEX版のみ連番にゼロ埋めを追加しました
指定した分のゼロ埋めをしますが、処理数が指定した桁を超えると超えた桁分のゼロ埋めを増やします。
https://www.icloud.com/shortcuts/83a0b54c577a4bbc8657305f20f2c3ac

ショートカット.appの仕様で数千以上のファイルを一括でやるとタイムアウトでエラーを起こすと思いますので
数百ファイルぐらいに留めといてください