それ問題は単なるSDのバックアップじゃなくて
3DS用データのバックアップってことが主題だろ

単にSDの中のデータならそりゃコピーすりゃいいだけだから何にでもバックアップ出来るけど
確か3DS用のSD内データの類はただコピーしただけじゃ駄目だったろ
ここじゃなくてゲーム関係の板で質問するべき事