結果

考古学的試料と古代DNAの配列決定
より古い標本（以下、HXHと呼ぶ）は、ヘルクスハイムの初期新石器時代の遺跡で発見され、紀元前5,223～5,040年（約7,000年前）と年代測定されている（補足図1）。より新しい標本（以下、CTCと呼ぶ）は、チェリーツリー洞窟で発見され、紀元前2,900～2,632年（約4,700年前）と年代測定されており、これは中央ヨーロッパの新石器時代末期に相当する（補足図2および補足ノート1～3）。

我々は2匹の古代犬の全ゲノム配列データを生成し、リードの67%以上を犬の参照ゲノム（CanFam3.1）にマッピングし、両サンプルで高い内因性犬DNA含有量を確認した（補足表2および補足ノート4）。MapDamage 15解析により、両サンプルが古代DNA 16に典型的な損傷特性を有することが示された（補足図3）。

両サンプルの最終的な平均カバレッジは約9×であったが、X染色体とY染色体のカバレッジは約5×であり、両サンプルが雄であることを示している。また、NGDデータ12をCTCおよびHXHと同じパイプラインを使用して再処理した。バリアントを検出するために、 DNA損傷パターン17を考慮したPythonで実装されたカスタム遺伝子型コーラーを使用した（補足ノート5を参照） 。
我々のアプローチにより、死後損傷に起因すると考えられる多くの偽陽性が排除されたことがわかった（補足図4）。