ヨーロッパの新石器時代の犬のゲノムクラスター分析

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5520058/figure/f2/

全ゲノム配列データセット（図1bおよび補足図9と10 ）を使用して近隣結合（NJ）ツリーを構築し、どの現代犬集団が古代サンプル（補足ノート8 ）と最も遺伝的に類似しているかを決定しました。

初期新石器時代のHXHと後期新石器時代のNGDは、現代のヨーロッパの村の犬と姉妹クレードとしてグループ化され、CTCはこのクレードの外側でしたが、他のどの現代集団よりもこれに類似していました。以前に示されたように12、東アジアの村の犬と犬種は、他のすべての犬の基底にあります。

また、SNPアレイと全ゲノムデータの両方を使用して主成分分析（PCA）も実行しました（図2a、bおよび補足ノート9）。両方のデータセットは、非常に異なる検出スキーム（SNPアレイデータはヨーロッパの犬種に偏っていると予想される）にもかかわらず、非常に類似した集団構造パターンを示しました。
より大きなSNPアレイ参照データセットは、村の犬が主に5つの異なる地理的クラスター（東南アジア、インド、中東、ヨーロッパ、アフリカ）に分かれることを示しています。犬種は、基底または「古代」の犬種20を除いて、ほとんどがヨーロッパの村の犬の変異の範囲内に収まります。NJツリー分析と一致して、3つの古代サンプルはすべて、現代の犬の変異の範囲内に収まりました。

HXHとNGDは、主要なヨーロッパのクラスターに最も近い古代サンプルであり、両方とも、ほぼ完全にヨーロッパの犬から派生したと考えられる太平洋諸島の犬のクラスターに隣接しています9。
CTCはアフガニスタンの村の犬の隣に位置しており、この犬は混血集団として知られ、ヨーロッパ系に似た祖先成分を多く持つと推測されているほか、南アジアや東アジアの集団からの寄与も考えられます9。