HDDとSSDが一杯一杯になったから、要らないファイルを棄て、圧縮できるファイルは圧縮し、
重複するファイルは消すという作業をするんだが、
内容が重複するファイルをOSが内部的にリンク（つまり実態は1つで、参照することで
複数に見せる。ただしどれかからの参照を通じて変更を加えたら、別のものとして
作られる）というようなことが機能として最初からあればいいのじゃないかと思う。
あるいはファイルシステム上の、内容が重複しているファイルやディレクトリーを
列挙して呉れるようなツール。まずは各ファイルのハッシュ値を何通りか計算して、
重複をしているファイルの候補たちを限定しておいて、それから真面目に比較して
異同を確定するなど。