ストレージやSDではなくメモリ不良なんじゃね？
PCの場合でしか体験ないけど、メモリの一部に不良があると
コピーしても0バイトデータをたまに作ったりしてたよ
たまにだったから特定するのにかなり時間かかった経験が・・・・