回答ありがとうございます。参考になりました。

結局今日問い合わせたところ、外傷などでSimの読み取り基盤がダメなのか、本体のシステムが電話口の確認では分からない(コールセンターの人と40分かけて一緒に確認作業しました)
修理の過程で原因がSimの差し入れの際にダメージがあったなどとわかったのなら有償修理(32000円)、そうでないなら無償修理。といわれました。

スピード交換サービス料は6000円で、故障状況(有償修理の条件に概すれば)によっては今回の場合修理費32000円上乗せだそうです。

正直本当にスマホが勝手に壊れたのか、たまたま読み込みが悪くて確認のためにSimを差し入れしてたら読み取り部分に傷がついたのか分からないので、修理には出せないです…。

ちなみに原因特定後、有償修理とわかった後に修理を断ったとしても原因診断代で5400円取るそうです…。