75さんの手法が間違いなくベストだと思うけど、ちと面倒かな。
一度外部メディアにTWRPでBACKUPとって、フルワイプ＆内部フォーマットしてからRESTOREするだけでもデフラグ的な効果があるだろうから、これで体感できたら今度は外部SDの一時退避＆フォーマット後書き戻しでよろしいかと。
自分は軽いROM焼き依存症だからしょっちゅうこんなことしてるお陰で常にヌルサク状態。