SDとの通信(データ転送だけでなくマウントやファイルシステムのやりとり)がうまくできず、内部ストレージを含めたI/O全体に影響が出ている可能性とか考えてる？
事実、SDの相性だけで勝手に再起動とかシステム自体が転けることもよくあるのに。