この原因について調べてみたところ、どうやらAndorid 11固有のバグみたいで、Key Mapperアプリの公式サイトに記載がありました。
https://docs.keymapper.club/user-guide/settings/#fix-keyboards-that-are-set-to-us-english-230-android-11
アクセシビリティをオンにするアプリが存在すると英語キーボードのレイアウトになってしまうようですね。
しかもAndroid 11での修正は見送られたっぽく、Android 12で修正されたっぽいです。

アクセシビリティをオンにすることが条件のようなのでKey MapperでなくともFx Serviceや他のアプリでアクセシビリティをオンにしている場合は特定のキー刻印通りに入力できていないと可能性があって、実際初期化後にFx Serviceだけインストールしてアクセシビリティをオンにしたら駄目でした。