検索してみた

Xperiaなどで指紋認証が設定から「消える」不具合、原因はSIM/microSDカードか
・電源を切る
・SIM/microSDカードスロットからトレーを引き出す
・SIMカードとmicroSDを取り除き、トレーを戻し、電源を入れる
・電源を切る
・SIM/microSDカードスロットトレーにSIMカードとmicroSDカードを装着し、スロットに戻す
・電源を入れる
これ、単純なSIM/microSDの抜き差しでも効果があるという報告もありますが、念のため上の手順を行うことをお勧めします。