書き方がわかりにくかったかもしれません。

いいねを消したはずのアカウント（以下A）でAのいいね欄を見た場合→ツイートが表示されない
別アカウント（以下B）でAのいいね欄を見た場合→ツイートが表示されている

という状態でした。なので私はいいねが正常に削除されていないと判断しました。
色々試しているうちに、Aにログインした状態でもいいね欄にツイートが表示されるようになりました。
そこで、仰るように手動でいいねを削除していくと、いいね欄には表示されなくなり、いいね件数も減っていきました。
2018年以前の何故かハートマークが点灯していないツイートについても、再度いいねを押し、取り消すことによって削除できました。
しかし、この方法でもいくつかのツイートはいいねを取り消すことができず、残ってしまっています。