これってキーカスタマイズ系の常駐ソフト(mayuとか)と相性悪いね。
特定のウィンドウが最前面のときキーマップを変更する設定だと、
Masterの方で直前に最前面だったソフトによってSlaveでのキーマップが変わってしまう。

ポインタがSlaveに移動したときはMaster側に透明なダミーウィンドウを表示するとか
してくれれば解決できるのに。

英語できる人、作者に要望してくれないか？