解決はしてないけど自己レス。
この症状はティアリング（垂直同期のズレ）というもので
CPUやグラボが重たくなってるわけではなく、
Windows7でのffdshowとの互換性の悪さかMS側での
ffdshowへの優先性の低さによるものらしいです。

とりあえずエアロを有効にするとこのティアリングは出ませんが
変わりにフレーム落ちがたまにあってガタつきがでます。
（逆効果なディスクキャッシュSuperfetchを切っても同じ）
XPでは２倍速でも全く問題なく常にスムーズに再生できたのに。
ちなみにエアロ無しで60fpsの動画で全画面に切り替える時に
必ず出ます。一旦一時停止にすると同期が間に合って
出なくなりますが、次の動画を再生すると再び出ます。