例として、画像の左から 10%、上から 20% を空けて、50% × 50% の領域を切り出したいとする。
まず画像の右下角を基準に、90% × 80% の領域を crop する。
これで左から 10%、上から 20% の部分が取り除かれる。
次に左上角を基準に、55.555...% × 62.5% の領域を crop する。
数字が中途半端だがこれは最初の crop で画像サイズが変わっているためで、
元の画像から見れば 50% × 50% の領域に相当する。

convert 入力画像 -gravity southeast -crop 90%x80% +repage -gravity northwest -crop 55.555556%x62.5% 出力画像

途中で +repage を行っているのは、仮想キャンバスを切り抜き後の画像に合わせるため。
+repage の代わりに、前の -crop のサイズ指定の末尾に感嘆符 (!) を付けても良い。