>>255
オレが知ってる方法では個別には設定できない。
メニューのPreferences>Package Setting>Package Control>Settigns - Userに
"auto_upgrade": false,
を追加してくれ。

Settings - Defaultにもいろいろ書いてあって、"auto_upgrade_ignore"とかいう項目もあるから、
そっちで個別設定できるんじゃないかな？
使ったことないからよく分からん。すまんね。