>>341
そのファイルの形式が何か判らないけど、例えばtsファイルなんかの場合は
何らかの理由でドロップが発生して映像や音声が乱れた箇所が
あったりすると、それが原因で再生やエンコードに支障が出る場合がある

ソースファイルがTSならmulti2DecWinっていうソフトを使えば
当該TSにドロップが発生してるかどうかをチェックできる

ドロップしてるとわかってもどう修正するのか？と言われると
これも色々と試してみるしかないけど例えば
http://zion009.blog98.fc2.com/blog-entry-50.html
こういうのとかね

それと、15時間のファイルを全部一度に変換するのではなく
内容的にキリのいい部分で分割してエンコして後で結合するとか
問題の部分は個別に修正とかやり方変えたほうがいい