バッハ武藤は、生TSのままだと音が再生されないから
TSsplitterで番組開始前のCM部分をカットしてるよ
この操作でいいかどうかはわからないけどこれで、それで音ズレなくエンコ出来てる
使ってるバージョンは3.1.2.0

以下TSspritter.batの内容
フォルダパスは環境に合わせて要適宜修正

SETLOCAL
SET SPath="D:\DTV\TsSplitter\TsSplitter.exe"
SET SParam1=-SD
SET SParam2=-1SEG
SET SParam3=-OUT "F:"
SET SParam4=-SEP3
SET SParam5=-OVL0,20,0
SET SParam6=-PTS

@echo %DATE% %TIME% TsSplitterHD 処理開始
:start
IF "%~1"=="" GOTO syoriend
IF NOT "%~x1" == ".ts" GOTO next
:syori
%SPath% %SParam1% %SParam2% %SParam3% %SParam4% %SParam5% %SParam6% "%~1"
@echo %DATE% %TIME% 処理完了 "%~1"
:next
SHIFT
GOTO start
:syoriend
@echo %DATE% %TIME% TsSplitterHD 処理完了
ENDLOCAL