別に特殊ではない
放送では一般的だけどPCでは使わない
だからエンコードがおかしいんではなくPCの再生ソフトが対応してないだけ
外国では日本みたいにTVをPCで録画してエンコとかあんまりやらない

いろいろ推測は出来るけどいずれにしろ
諦めるか別のソフト使うか要望を出すか好きにしろ