意外とあっさり解決した〜♪
そういえばOS書くの忘れてたね→Win7 Sp1 x64

とりあえず
既定のプログラム→関連付けを設定するで
一番下のプロトコルの項目を見たらMAILTOプロトコルがなかった
おかしいなと思って他のメーラーを初めて起動してみてすぐに終了し
再びプロトコルの項目を見たら今度はMAILTOプロトコルが復活していた
関連づけはちゃんとShurikenプログラムになっていたけど
念のため改めてプログラムの変更ボタンを押して関連づけし直したところ
IEからちゃんと起動するようになりました

もう1台も同じ状態だったんだけど、同じくやってみたら無事成功
でもなんでShurikenだけしか使っていないと
MailToプロトコルが表示されないんだろう？
謎はあるけど直ってよかった
既出だったらごめん