「設定をユーザ毎に個別に管理する」をONでインストールすると
サクラはsakura.exe.iniの内容に従って%APPDATA%\sakura\sakura.iniの設定を読み書きする
%APPDATA%はC:\Users\<user name>\AppData\Roamingが標準
またsakura.exe.manifestがVirtual Store無効でインストールされる
読み書きするタイミングは、タスクトレイのサクラが起動・終了するとき
トレイ起動中に設定ファイルを削除しても終了時に現在の設定で書き込まれるので、
壊れた設定で起動していると削除しても復活する
sakura.exe.iniがないとサクラはexeのある場所のsakura.iniの読み書きを行う
これはインストールだとC:\Program Files(x86)\sakura\sakura.ini
そのためsakura.exe.iniを消すと最初とは別の設定になり一見治ったように見える
しかし、Program files内には書き込めない設定(Virtual Store無効manifest)なので、
再起動などすると設定が書き込めず消える
アンインストールしても%APPDATA%は消さないので、元の設定は残っている
そのためデフォルトで再インストールすると復活する
おすすめの解決策は、sakura.exe.iniを削除しないでサクラエディタをトレイ含め全終了
したあと%APPDATA%\sakura\sakura.iniを削除することでの再初期化
長文失礼以下参考
http://sakura-editor.sourceforge.net/htmlhelp2/HLP000080.html