Q4.
設定ファイルが見つかりません
（jane2ch.brd、favorites.dat、session.dat、command.dat などなど）

A4.
下記の3条件を満たしている場合
・OS が Windows Vista 以降
・Jane Style を Program Files 配下にインストールしている
・UACを有効にしている

「UAC（User Account Control：ユーザーアカウント制御）」と
「ファイルとレジストリの仮想化」を理解すると問題解決の糸口が見つかるかもしれません

ざっくり言うと
C:\Users\ユーザー名\AppData\Local\VirtualStore\Program Files
配下を調べてみましょう
そこにあるファイルが有効なものかもしれません
※「ユーザー名」の部分は Windowsログイン時のユーザー名になります
　ユーザー名は、Windowsの「マイ コンピュータ」のプロパティなどで確認できると思います

仮想化について簡単に言うと（間違っていたら失礼）
UACが有効になっていると一部ファイルやレジストリが仮想化されます
（正規の場所でなく仮の場所に（勝手に）誘導されます）
Program Files フォルダなど、アプリケーションからの書き込みが禁止されている領域に書き込みを行おうとした場合に
自動的にリダイレクトされて別の領域に書き込まれます
（書き込もうとしたフォルダ内ではなくユーザー用のフォルダ内に書き込まれます）
読み込む場合もリダイレクト先のファイルを読み込みます
※あくまでアプリケーションによる読み書きの場合です