・① ギャップが前のtrackの後ろ 2曲目( [track02 index01] [track03index00] )
・② ギャップが同trackの前　　 2曲目( [track02index00] [track02 index01] )
・③ ギャップを無視　　　　　　2曲目( [track02index01] )

プレイヤーの頭出しは index01 に飛ぶ
その動作を基準にすると ギャップ(index00)は前のtrackの後ろに付く
①の利点はアルバムなどを先頭から再生した場合、ギャップなどの無音時間を含めCDと変わらない時間、タイミングで聴ける (②も同じ)
次の曲、前の曲へ頭出しした場合の位置、タイミングがCDを聴く時と同じ
デメリットは曲の時間表示が次のtrackのindex00分加算される (CDをプレイヤーで再生だとindex00はindex01までのマイナス表示)
②の利点はtrack単位になるのでcueシートが綺麗ってくらい。デメリットは頭出しの位置が変わる。曲時間も変わる
③は全体の再生時間がindex00が削られた分変わるがindex00の分が加算されない為、曲自体の時間は正確

cueシートがあるなら①と②はどちらもCDに忠実になるけど
cueシート無しではどちらも忠実なものにならない
全体を通して考えるなら①
曲単体なら③
エンコソフトの多くは①