Chrome を起動し「Ctrl＋Shift＋O」キーを押しブックマーク マネージャを表示します。
左上青色ツールバーの [ メニュー ] ボタンをクリックします。
「ブックマークをエクスポート」をクリックし任意の場所に保存します。

アカウント別Profilesバックアップ方法は
C:\Users\ユーザー名\AppData\Local\Google\Chrome\User Data
このフォルダ内をすべてＣドライブ以外にバックアップ。

これを実行してから再インストールを試みてください。
再インストール後は「User Data」内の必要なファイルのみ
上書きし、それ以外は廃棄をお勧めします。
Chromeアカウントと同期している場合や、ブックマーク以外設定しなおす
だけで済む場合は「User Data」フォルダを廃棄してかまいません。