>>608
window座標/状態を保持している設定ファイル(UserSettings.json)は、1) 設定ダイアログを閉じた時、2) NeeView正常終了時、に更新される
つまり、強制終了させた場合は 2)が行われないので、最後の1) or 2) のタイミングのwindow座標が保持されたままになって次回起動時はその座標で復元される

2)を実行させるために、保存したい座標を保持しているウィンドウをアクティブにした上で、「全ての非アクティブなNeeViewウィンドウを強制終了させるバッチ」呼び出し→終了コマンド、の順でコマンドを実行するスクリプトをジェスチャに割り当てとけばイケるはず