みんなありがとう！！解決した！！>>88の指摘通りだった。
問題１はコマンドラインオプションから指摘されたものを削除したらちゃんとしたものが出来上がった。
問題２もflacデコーダのことは後から調べるけど、確かにwavのほうのCUEはEACで読み込めた。
ただFLACのほうのCUEはMP3tagで編集できて問題なく動作したから、これで対処しようと思う。
みんな親切に教えてくれて本当にありがとう。感謝する。
（実は前の質問のやつもこの問題がきっかけで他の方法を試してた結果起きたことだった。）