最近のnightly版は以前のステートセーブが使えない
と思ってたら
設定→保存→"フォルダ内のステートセーブファイルをコア名で並べ替え"をオンにしていると
retroarchフォルダの二つ上の階層にコア名フォルダを作ってそこを参照していますね