既知の問題ではあるみたいですね
https://www.reddit.com/r/Thunderbird/comments/xxezrq/is_the_unread_folders_section_not_refreshing/

企業系のサイトにフリメで登録して自動振り分けして放置してるだけなんで
受信トレイには必要なメール（といっても大したものはないですが）だけ届きますよ