新PCにしてからプチフリしてた件。暫定的に解決したので報告

最初に暫定対応から
cドライブ(SSD)にpcsx2の本体を置いてROMやメモリーカードのファイルはeドライブ(HDD)に置いたままにした
これでウイニングイレブン7のプチフリが完全に無くなった

元の状態
cドライブ(ssd 1TB) OSのみ入ってる状態
eドライブ(hdd 4TB) エミュレータ関係や雑多なゲーム、厳選された趣味画像等を置いていた
この状態でeドライブからpcsx2やppssppなんかを起動すると一部のゲームでプチフリが発生

原因
不明というか良く判らない ssdのシステム(OS)とエミュのhddの速度差？
ゲームの不具合でたまにあるOSと同じドライブにインストールしないとダメ系なのかな？

エミュ関係で500GBくらいなんでcドライブに完全引っ越ししても良いよう気がするけど様子見