秀丸マクロでやろうとするとちょっと面倒だけどrubyを使っていいなら簡単。
rubyをインストールして下のバッチファイルをダブルクリックすればバッチファイル以下のフォルダのテキストファイルをSJISからBOM付きUTF8に変換します。

REM UTF保存bat
REM UTF8で保存する
chcp 65001

ruby -x "%~f0"
pause
exit

#!ruby
#encoding: utf-8
Encoding.default_external = 'UTF-8'

Dir.glob('**/*.txt'){|f| #txtファイルを探す
s=open(f.encode(Encoding::UTF_8)).read
File.write(f+"~",s) #バックアップ
bom="\uFEFF" #BOM付き
File.write(f,bom+s.encode(Encoding::UTF_8,Encoding::SJIS))
}