CD・DVDブートのできるLinuxを使って、ファイルシステムをマウントして別のストレージに内容を書きだすか、
あるいはWindowsのファイルシステムは無視して、ディスクのパーティションをそのままべったりと
圧縮を掛けながら別のストレージにファイルとして書き出してやればバックアップとして使えないか。
リストアするときはうまく逆のことをする。