バックアップソフトによっては新規に割り当てられたシステムドライブと回復パーティションのGUIDで
BCDの内容を更新しないものがあるので、
その場合にはクローン後に起動不能となるし回復環境も起動しない事になる
クローンでこれを回避するには、Sector By Sectorでストレージの内容をそのままクローンしてクローン先のストレージから起動する必要がある
一般的にはバックアップイメージを作成してからそれを利用して新しいストレージへと復元した方がトラブルが発生しないよ