一度タイムラインのレイヤー1をクリックした後、方向キー下を一度押してCtrl+Vを押すとレイヤー2に置かれるため
貼り付けられたオブジェクトはアクティブになってるレイヤーに置かれていると思う

一度1秒地点をクリックした後、方向キーで現在位置（赤い線）を2秒地点に動かした後、
Ctrl+Vを押すと1秒地点に置かれるため、時間は最後にクリックした時間を参照しているんだと思う

>>741
とりあえずタイムラインを拡大して目当てのフレーム・レイヤーの部分をクリックしてコピペするのが良いんじゃないだろうか